O PPGHDL possui importantes parcerias com órgãos públicos, como o Ministério da Justiça e da Segurança Pública, o Ministério da Educação e o Ministério de Direitos Humanos e da Cidadania do Brasil; a Prefeitura de São Paulo, a Secretaria Municipal de Direitos Humanos e Cidadania de São Paulo, a Secretaria Municipal de Educação de São Paulo; e a Secretaria Estadual de Justiça e Cidadania do Estado de São Paulo, entre outros. Além disso, vários projetos recebem reconhecimento e apoio da ONU.
As parcerias – que se concretizam por meio de pesquisas, ações concretas e apoio para elaboração de políticas em educação, cultura e direitos humanos, incluindo o combate ao racismo, à xenofobia, à LGBTQIA+fobia – incluem centros de pesquisas, de educação, de cultura e de ações sociais, como a Bibli-ASPA (que há mais de 20 anos desenvolve projetos por/para/com refugiades, apátridas , imigrantes, pessoas em situação de rua, educação antirracista), a Educafro, o Minas Programam e o Centro Cultural Mayegun, entre outros.
Além disso, são parcerias expressivas aquelas com movimentos sociais e educacionais e também outras instituições dentro da USP, como o Centro de Estudos das Literaturas e Culturas de Língua Portuguesa (CELP/USP), NAPs como o Núcleo de Apoio à Pesquisa (NAP) Diversitas e o Núcleo de Apoio à Pesquisa (NAP) Brasil África (que reúne africanistas da universidade), o Grupo de Diálogos Interculturais do Instituto de Estudos Avançados (IEA/USP), entre outras.
